ปัจจุบันโอโซนมักใช้ในน้ำบริสุทธิ์ น้ำแร่ น้ำแร่ และน้ำบาดาลในกระบวนการผลิตและ CT=1.6 มักจะใช้กับการบำบัดน้ำประปา (C หมายถึงความเข้มข้นของโอโซนที่ละลายน้ำ 0.4 มก./ลิตร, T หมายถึงเวลากักเก็บโอโซน 4 นาที)

น้ำดื่มที่ได้รับการบำบัดด้วยโอโซนจะฆ่าหรือยับยั้งจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค รวมถึงไวรัส แบคทีเรีย และปรสิต และกำจัดสารปนเปื้อนอนินทรีย์ที่พบในระบบน้ำอันเนื่องมาจากมลพิษการบำบัดด้วยโอโซนยังช่วยลดสารประกอบอินทรีย์ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ เช่น กรดฮิวมิกและสารเมตาบอไลต์ของสาหร่ายน้ำผิวดิน รวมถึงทะเลสาบและแม่น้ำ โดยทั่วไปมีจุลินทรีย์ในระดับที่สูงกว่าดังนั้นจึงมีแนวโน้มที่จะเกิดการปนเปื้อนมากกว่าน้ำใต้ดินและต้องมีระบบการบำบัดที่แตกต่างกัน