Praegu kasutatakse osooni tavaliselt puhastatud vee, allikavee, mineraalvee ja maa-aluse vee töötlemisel.Ja CT=1,6 kasutatakse sageli kraanivee töötlemisel (C tähendab lahustunud osooni kontsentratsiooni 0,4 mg/L, T tähendab osooni retentsiooniaega 4 minutit).

Osooniga töödeldud joogivesi tapab või inaktiveerib patogeensed mikroorganismid, sealhulgas viirused, bakterid ja parasiidid, ning eemaldab veesüsteemides reostusest tingitud anorgaanilised saasteained.Osoontöötlus vähendab ka looduslikult esinevaid orgaanilisi ühendeid, nagu humiinhape ja vetikate metaboliidid.Pinnaveed, sealhulgas järved ja jõed, sisaldavad üldiselt rohkem mikroorganisme.Seetõttu on need saastumisohtlikumad kui põhjavesi ja vajavad erinevaid puhastusrežiime.