V súčasnosti sa ozón bežne používa v čistenej vode, pramenitej vode, minerálnej vode a úprave podzemných vôd.A CT=1,6 sa často používa pri úprave vody z vodovodu (C znamená koncentráciu rozpusteného ozónu 0,4 mg/l, T znamená retenčný čas ozónu 4 minúty).

Pitná voda upravená ozónom zabíja alebo inaktivuje patogénne mikroorganizmy vrátane vírusov, baktérií a parazitov a odstraňuje stopové anorganické kontaminanty nachádzajúce sa vo vodných systémoch v dôsledku znečistenia.Úprava ozónom tiež znižuje prirodzene sa vyskytujúce organické zlúčeniny, ako sú humínové kyseliny a metabolity rias.Povrchové vody, vrátane jazier a riek, vo všeobecnosti obsahujú vyššie hladiny mikroorganizmov.Preto sú náchylnejšie na kontamináciu ako podzemné vody a vyžadujú si odlišné režimy úpravy.