Понастоящем озонът обикновено се използва в пречистена вода, изворна вода, минерална вода и обработка на подземни води.И CT=1,6 често се прилага за обработка на чешмяна вода (C означава концентрация на разтворен озон 0,4 mg/L, T означава време на задържане на озон 4 минути).

Питейната вода, обработена с озон, убива или инактивира патогенни микроорганизми, включително вируси, бактерии и паразити, и премахва неорганични следи от замърсители, открити във водните системи поради замърсяване.Третирането с озон също намалява естествено срещащите се органични съединения като хуминова киселина и метаболити от водорасли.Повърхностните води, включително езерата и реките, обикновено съдържат по-високи нива на микроорганизми.Поради това те са по-склонни към замърсяване от подземните води и изискват различни режими на пречистване.