वर्तमान में, ओजोन का उपयोग आमतौर पर शुद्ध पानी, झरने के पानी, खनिज पानी और भूमिगत जल प्रसंस्करण में किया जाता है।और CT=1.6 को अक्सर नल के पानी के उपचार के लिए लागू किया जाता है (C का मतलब है घुली हुई ओजोन सांद्रता 0.4mg/L, T का मतलब है ओजोन प्रतिधारण समय 4 मिनट)।

ओजोन से उपचारित पीने का पानी वायरस, बैक्टीरिया और परजीवियों सहित रोगजनक सूक्ष्मजीवों को मारता है या निष्क्रिय करता है और प्रदूषण के कारण जल प्रणालियों में पाए जाने वाले अकार्बनिक ट्रेस संदूषकों को हटा देता है।ओजोन उपचार प्राकृतिक रूप से पाए जाने वाले कार्बनिक यौगिकों जैसे ह्यूमिक एसिड और अल्गल मेटाबोलाइट्स को भी कम करता है।झीलों और नदियों सहित सतही जल में आम तौर पर सूक्ष्मजीवों की मात्रा अधिक होती है।इसलिए, उनमें भूजल की तुलना में संदूषण की संभावना अधिक होती है और उन्हें विभिन्न उपचार व्यवस्थाओं की आवश्यकता होती है।