עם התפתחות החקלאות הימית, המחלה הנגרמת על ידי המיקרואורגניזם הפתוגני קורות מדי פעם, אשר פוגעות בתעשיית החקלאות הימית.מלבד שיפור הניהול של המתקנים, זה היה נושא חשוב לחסל את המיקרואורגניזם הפתוגני במי ההזנה ובמכשירים.אוזון, בהיותו מחמצן חזק, מחטא וזרז, נעשה שימוש נרחב לא רק בתעשייה, אלא גם בחיטוי מים, שיפור איכות המים ומניעת המיקרואורגניזם הפוגני בחקלאות ימית ובגאות אדומה.ניתן למנוע את המיקרואורגניזם הפתוגני על ידי שימוש במערכת אוזון לחיטוי מים ומתקנים של חקלאות ימית.
מכיוון שלאוזון יש יעילות גבוהה בחיטוי, טיהור מים ואינו גורם לתוצר לוואי לא רצוי, זהו חומר החיטוי האידיאלי לחקלאות ימית.ההשקעה בשימוש במערכת האוזון בגידול חקלאות ימית אינה גבוהה, והיא חוסכת חומרי חיטוי שונים, אנטיביוטיקה, מפחיתה את חילופי המים, מעלה את שיעור ההישרדות הרבייה לפי שניים לפחות, מייצרת את המזון הירוק והאורגני.לפיכך, זה די כלכלי.נכון לעכשיו, השימוש באוזון בחקלאות ימית די נפוץ ביפן, באמריקה ובמדינות אירופה.