એક્વાકલ્ચરના વિકાસ સાથે, પેથોજેનિક સુક્ષ્મસજીવોને કારણે થતો રોગ પ્રસંગોપાત થાય છે, જે એક્વાકલ્ચર ઉદ્યોગને નુકસાન પહોંચાડે છે.સુવિધાઓના સંચાલનમાં વધારો કરવા સિવાય, ખોરાકના પાણી અને સાધનોમાં રોગકારક સૂક્ષ્મજીવોને દૂર કરવા માટે તે એક મહત્વપૂર્ણ વિષય રહ્યો છે.ઓઝોન, કારણ કે તે મજબૂત ઓક્સિડન્ટ છે, જંતુનાશક અને ઉત્પ્રેરકનો ઉપયોગ માત્ર ઉદ્યોગમાં જ નહીં, પરંતુ પાણીના જીવાણુ નાશકક્રિયા, પાણીની ગુણવત્તા સુધારવા અને જળચરઉછેર અને લાલ ભરતીમાં પેટ હોજેનિક સુક્ષ્મજીવોને રોકવામાં પણ વ્યાપકપણે થાય છે.એક્વાકલ્ચર પાણી અને સુવિધાઓને જંતુમુક્ત કરવા માટે ઓઝોન સિસ્ટમનો ઉપયોગ કરીને રોગકારક સૂક્ષ્મજીવોને અટકાવી શકાય છે.
કારણ કે ઓઝોન જીવાણુ નાશકક્રિયા, પાણી શુદ્ધિકરણમાં ઉચ્ચ કાર્યક્ષમતા ધરાવે છે અને અનિચ્છનીય આડપેદાશનું કારણ નથી, તે જળચરઉછેર માટે આદર્શ જંતુનાશક છે.જળચરઉછેર સંવર્ધનમાં ઓઝોન પ્રણાલીનો ઉપયોગ કરવાનું રોકાણ વધારે નથી, અને તે વિવિધ જંતુનાશકો, એન્ટિબાયોટિક્સ બચાવે છે, પાણીની વિનિમયમાં ઘટાડો કરે છે, સંવર્ધન ટકાવી રાખવાનો દર ઓછામાં ઓછો બે ગણો વધારે છે, લીલા અને કાર્બનિક ખોરાકનું ઉત્પાદન કરે છે.તેથી, તે તદ્દન આર્થિક છે.હાલમાં, જાપાન, અમેરિકા અને યુરોપીયન દેશોમાં જળચરઉછેરમાં ઓઝોનનો ઉપયોગ તદ્દન પ્રચલિત છે.